马文昭教授于1886年出生于保定城郊贫农家中，自幼参加劳动，在基督教教会学校半公半读.1905年由教会资助在河北省通县协和大学攻读。1910年升入北京协和医学校学习。1915年毕业后，曾先后任山西汾阳医学院及通县潞河医院医师。在汾阳时曾独自抢救一个剖腹自杀的铁匠，在简陋的铁匠铺中，用简单的用具和消毒剂，经过细心大胆的操作，终于挽救了患者的生命。

1919年返回北京协和医学院解剖学科进修，在著名细胞学家Cowdry教授指导下开始学习组织学专业，翌年又到美国芝加哥大学解剖学科受教于Bensley教授。当时细胞学关于核和染色体的研究有了很大的成就为研究遗传提供了物质基础，但对于细胞质中的主要细胞器－－线粒体和高尔基复合体的机能尚在探索阶殷。马教授接受和遵循上述两位教授关于线粒体及高尔基复合体在细胞中作用的新概念，确定了他一生的研究方向。

1921年返回协和医学院解剖学科，担任助教、讲师等职务，并应用活体染色和固定切片等方法开展了关于线粒体和高尔基复合体在生理和病理状态下的形态学变化的研究。1928年再度赴美芝加哥大学研究院进修，返校后升任副教授等职务，进一步研究线粒体和高尔基复合体在细胞中的机能，积累了丰富的经验，指出这两种细胞器是细胞各种机能代谢最主要的结构，它们随着细胞机能的亢进和衰退而增长和减少。并从这两种细胞器的染色反应推断两者的主要成分为卵磷脂，如增加机体卵磷脂的摄入可以增强两种细胞器的结构和机能，从而提高细胞的生命力。他从这一结论出发，设计了医治鸦片瘾的方案，并在实验室中进行了用卵磷脂治疗吗啡中毒的动物实验，获得了预期的效果。从这一系列的研究中还提出了血液和造血器官的结构和发生的许多新见解。

1940年应美国圣路易华盛顿大学医学院细胞学科Cowdry教授的聘请，去该学科任客座教授，1941年因国际局势日益紧张而归国。
1941年底太平洋战争爆发后马教授转任北京大学医学院解剖学科教授，继续从事教学和细胞学的研究。1945年任北京大学医学院院长，在重建医学院的工作中作出贡献，并为现在的北京医学院奠定了基础。1947年任北京大学医学院解剖科主任教授。

1949年全国解放，新中国建立，马教授的研究工作得到党和国家的重视。在开国伊始经济困难的情况下，卫生部拨了一笔经费，为马教授建立了细胞学研究室。此后马教授精心培养了一批人民解放军派来进修的干部，同时全力投入关于卵磷脂对细胞作用的研究。院系调整后，他担任北京医学院组织胚胎学教研室主任。当时马教授已是60多岁，每天不知疲劳地伏在案头、在显微镜下观察在各种条件下细胞内线粒体和高尔基复合体的变化。从磷脂类增强细胞器的机能这论点出发，探讨磷脂对皮肤增生，创伤愈合，以及临床皮肤病、神经衰弱等疾病的作用，取得了一定的效果，为卵磷脂在临床应用开阔了途径。在1956年被评选为全国先进工作者。1963年编写了《磷脂类对于组织的作用》一书，总结了磷脂在细胞的组成部分和机能中的作用和这一学说在临床上的意义。自1924年至1965年，共发表实验研究论文60余篇，刊载于国内及国际医学杂志中。

在教学方面，马教授担任组织学教学工作40多年。从制备标本、辅导实习到课堂讲课，处处认真、全力准备。每次讲课前必定反复试讲甚至到深夜。讲课当天，清晨一早便将彩色结构图在黑板上精绘好。这种认真严肃态度长年如此，始终不懈。

马教授是中国解剖学会主要创始人之一，曾任该学会的理事长和常务理事。

1956年中国科学院成立，马教授被选为第一届生物学地学部学部委员。1963年当选为第三届全国政协委员。解放后，马教授经历多次伟大的政治运动，思想上不断进步，他用自己在旧社会的艰辛经历和新社会受到的荣誉，教育年青一代要坚定地跟着党走社会主义道路。

1960年马教授己是74岁，仍每天坚持来校，指导研究工作，后因高血压症在家休养，仍坚持工作。1965年，突然发现患有肺癌，虽经多方医治，终因病情发展大快，于12月13日被癌症夺去了生命，终年79岁。

马文昭教授一生谦虚谨慎平易近人，在政治上不断追求进步，拥护共产党的领导，坚持社会主义道路；在医学教育事业上，为国家培养了大批人才；在细胞学研究上，做出了许多贡献。他为了使组织学在中国生根发展，为了探讨细胞机能的真理，为了使细胞学的理论应用于临床治疗。为了实现科学上的理想，数十年如一日，勤奋工作献出了毕生的精力。